Smyslem ČSPAP je zejména poskytovat výcvik zájemcům o psychoanalytickou psychoterapii tak, aby absolventi výcviku mohli tuto terapii vykonávat. Zároveň ČSPAP garantuje odbornou úroveň svých řádných členů a poskytuje jim profesní zázemí.
Cílem výcviku je získat pevné teoretické zázemí v psychoanalytické teorii a osvojit si praktické dovednosti v psychoanalytické psychoterapii. Výcvik proto obsahuje teoretickou, zkušenostní a supervizní část a trvá několik let. Absolventům zprostředkovává hlubší porozumění lidské psychice (své vlastní i pacientů/klientů) a poskytuje ucelený pohled na procesy probíhající mezi pacientem/klientem a terapeutem na vědomé i nevědomé úrovni.
Výcvik v psychoanalytické psychoterapii se děje prostřednictvím orgánů ČSPAP – Institutů psychoanalytické psychoterapie (IPP) jednotlivých sekcí. Dle profesního zájmu je možné si zvolit buď výcvik v individuální psychoanalytické psychoterapii, skupinové psychoanalytické psychoterapii (popř. skupinové analýze), výcvik v psychoanalytické psychoterapii dětí a dospívajících či v psychoanalytické párové a rodinné psychoterapii. Všechny výcviky v rámci IPP ČSPAP jsou akreditovány pro oblast zdravotnictví a jejich absolventi (při splnění všech ostatních právních podmínek) jsou oprávněni vykonávat psychoterapii v tomto odvětví.
Vedle výcviku psychoterapeutů ČSPAP seznamuje se svou prací i širší odbornou veřejnost. Vydává Revue pro psychoanalytickou psychoterapii a psychoanalýzu a pořádá odborné akce. V minulosti to byly například 1. konference psychoanalytické psychoterapie, 1. konference o skupinové analýze, několik ročníků pracovních seminářů a konferencí psychoanalytické psychoterapie dětí a dospívajících, přednášky o skupinové analýze a dalších příbuzných tématech, vždy vesměs s aktivní účastí zahraničních odborníků. Na podzim 2001 se uskutečnilo pracovní setkání tréninkových institutů ze střední a východní Evropy.
Od podzimu 2005 pořádá každé druhé pondělí v měsíci (říjen–červen) Seminář psychoanalytického myšlení určený všem členům ČSPAP, případně hostům. V květnu 2009 spolupořádala v Praze 4. mezinárodní skupinovou konferenci EFPP „Bridging Identities“. V létě 2015 spolupořádala s GASI (Group-Analytic Society International) 2. Mezinárodní letní školu skupinové analýzy na téma „Kdo se bojí skupiny?“. V letech 2016–2017 spolupořádala s ČPS Víkendy s TFP (Transference Focused Psychotherapy). Od roku 2016 pořádá každoročně konferenci psychoanalytické skupinové psychoterapie Jarní skupinové dny „Jak zažít a přežít skupinu“.
ČSPAP spolupracuje na některých svých akcích také s Českou psychoanalytickou společností (ČPS), s níž ji pojí nejen společná myšlenková východiska, ale také přátelské a osobní vztahy.
Na mezinárodní scéně je ČSPAP řádným členem The European Federation for Psychoanalytic Psychotherapy in the Public Sector (EFPP). V procesu je tvorba evropského certifikátu psychoanalytického psychoterapeuta.
Organizačně se nyní ČSPAP dělí do čtyř sekcí (individuální, skupinové, dětské a párové/rodinné) a dle Stanov je řízena koordinačním výborem, který je volen shromážděním řádných členů. Má řádné členy a přes 100 kandidátů řádného členství, kteří jsou na různém stupni výcviku. Sídlem ČSPAP je Praha.